Het is 1633 wanneer priester Rodrigues en zijn compagnon Garupe hun thuisland Portugal verruilen voor Japan voor een gevaarlijke missie. Ze willen hun leermeester Ferreira, die zijn geloof zou hebben verzaakt, opsporen en de Japanse christenen bijstaan in een tijd waarin wrede vervolgingen aan de orde van de dag zijn. Blootgesteld aan deze vijandige omgeving, wordt het eens zo rotsvaste vertrouwen van de padres steeds verder op de proef gesteld. Het ware strijdveld wordt al snel de innerlijke worsteling van Rodrigues, waarin hij de betekenis van geloof en afvalligheid, moed en lafheid opnieuw leert definiëren. Gedurende dit proces wordt hij continu op symbolische wijze geconfronteerd met zowel Jezus, wiens beeltenis met regelmaat op onverwachte plekken aan hem verschijnt, als met een Judas, in de vorm van de Japanse gids Kichijiro die hem te pas en te onpas blijft achtervolgen.
